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Oggetto:
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Biomineralogia

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Biomineralogy

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Anno accademico 2023/2024

Codice attività didattica
MFN1488
Docente
Marco Bruno (Titolare)
Corso di studio
Laurea Magistrale in Scienze dei Sistemi Naturali (SSN) D.M. 270
Anno
2° anno
Periodo
Secondo trimestre
Tipologia
Caratterizzante
Crediti/Valenza
6
SSD attività didattica
GEO/06 - mineralogia
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Italiano
Frequenza
Facoltativa
Tipologia esame
Orale
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Comprensione dei meccanismi della crescita cristallina applicata ai settori biologici dove essa svolge un ruolo importante; l'ambiente chimico e biologico e la formazione dei minerali; il ruolo della biologia e degli organismi nei cicli geochimici naturali; riconoscimento delle funzioni delle strutture inorganiche organizzate nei tessuti biologici. Conoscenza delle principali fasi minerali nei tessuti biologici vegetali e animali e loro nozioni sull'interazione tra mineralogia ambientale e organismi.

Understanding of the mechanisms of crystalline growth applied to biological sectors where it plays an important role; the chemical and biological environment and the formation of minerals; the role of biology and organisms in natural geochemical cycles; recognition of the functions of inorganic structures organized in biological tissues. Knowledge of the main mineral phases in plant and animal biological tissues and their notions on the interaction between environmental mineralogy and organisms. 

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Risultati dell'apprendimento attesi

Conoscenza e capacità di comprensione

Alla fine di questo insegnamento lo studente dovrà:

  • Possedere una conoscenza del quadro concettuale e termodinamico, entro il quale tutta la fenomenologia della biomineralogia viene inquadrata;
  • Conoscere gli strumenti fondamentali, sviluppati in ambito termodinamico, per lo studio dei processi di nucleazione e crescita delle fasi cristalline nella biomineralogia;
  • Conoscere i principali minerali in biomineralogia e gli organismi che li producono.

Capacità di applicare conoscenza e comprensione

Alla fine di questo insegnamento, lo studente sarà in grado di:

  • interpretare in chiave termodinamica vari aspetti fondamentali concernenti la crescita dei cristalli nell’ambito della biomineralogia;
  • utilizzare con competenza modelli termodinamici per spiegare la nucleazione e la crescita di fasi cristalline;
  • conoscere i minerali più importanti e i loro meccanismi di formazione in ambiente bio.

Autonomia di giudizio

Alla fine dell’insegnamento lo studente dovrà essere in grado di valutare quantitativamente la validità, l’applicabilità, l’attendibilità e i limiti di un dato modello termodinamico nella risoluzione di un dato problema associato alla biomineralogia.

Abilità comunicative

Alla fine dell’insegnamento lo studente dovrà:

  • essere in grado di descrivere, sviluppare e impostare un dato problema riguardante la biomineraloga utilizzando il linguaggio corretto in ambito termodinamico e cristallografico;
  • interfacciarsi con altre figure, in differenti ambiti che considerano gli stessi problemi da punti di vista diversi, mostrando e illustrando gli aspetti importanti ed essenziali di carattere termodinamico che possono portare contributi all’analisi e soluzione di problemi.

Capacità di apprendimento

Alla fine di questo insegnamento lo studente avrà sviluppato le capacità di studio autonomo di problematiche inerenti la biomineralogia, da affrontarsi con gli strumenti concettuali e tecnici appresi.

Knowledge and understanding ability

At the end of this course the student will:

  • Possess a knowledge of the conceptual and thermodynamic framework, within which the whole phenomenology of biomineralogy is framed;
  • Know the fundamental tools, developed in the thermodynamic field, for the study of nucleation and growth processes of crystalline phases in biomineralogy;
  • Know the main minerals in biomineralogy and the organisms that produce them.

Ability to apply knowledge and understanding

At the end of this teaching, the student will be able to:

  • interpret in a thermodynamic key various fundamental aspects concerning the growth of crystals in the biomineralogy;
  • competently use thermodynamic models to explain the nucleation and growth of crystalline phases;
  • learn about the most important minerals and their formation mechanisms in a bio environment.

Autonomy in judgment

At the end of the course the student must be able to quantitatively assess the validity, applicability, reliability and limits of a given thermodynamic model in solving a given problem associated with biomineralogy.

Communication skills

At the end of the course the student must:

  • be able to describe, develop and set a given problem concerning biomineralogy by using the correct language in thermodynamic and crystallographic field;
  • interface with other figures, in different areas that consider the same problems from different points of view, showing and illustrating the important and essential thermodynamic aspects that can bring contributions to the analysis and solution of problems.

Learning ability

At the end of this teaching the student will have developed the ability to independently study problems related to biomineralogy, to be faced with the conceptual and technical tools learned.

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Programma

Ripasso di mineralogia: (i) cosa è un minerale, simmetria nei cristalli, gruppi puntuali, cella elementare, direzioni cristallografiche, indicizzazione delle forme cristallografiche; (ii) le specie minerali più comuni in biomineralogia e le loro caratteristiche strutturali; (iii) le proprietà chimiche e fisiche di maggiore interesse per la biomineralogia; (iv) principali tecniche analitiche per il riconoscimento e la descrizione dei minerali; (v) esercizi.

Ripasso ti termodinamica: (i) definizione di funzione di stato, variabili intensive e estensive; (ii) definizione di potenziale chimico e energia libera di Gibbs; (iii) forme differenziali e integrate delle principali funzioni di stato; (iv) relazione di Gibbs-Duhem; (v) esercizi.

Ripasso di geochimica: (i) il prodotto di solubilità, la solubilità, la saturazione e la sovrasaturazione in fase acquosa e in soluzioni di tipo biologico; (ii) curve di solubilità e loro utilizzo; (iii) esercizi.

Crescita cristallina applicata alla biomineralogia: (i) sovrasaturazione termodinamica di un sistema; (ii) definizione di superficie (interfaccia) e energia di superficie (interfaccia) di un cristallo; (iii) energia di adesione di un cristallo (relazioni di Young e Duprè); (iv) nucleazione omogenea e eterogenea (3D e 2D); (v) definizione di epitassia e maglia 2D di coincidenza per descriverla; (vi) forma di equilibrio di un cristallo (teorema di Gibbs-Wulff); (vii) classificazione delle facce dei cristalli, leggi di crescita delle facce dei cristalli, morfologia di crescita dei cristalli; (viii) fattori che influenzano la morfologia di crescita dei cristalli in ambiente bio; (ix) esercizi.

Principi generali della biomineralogia: (i) mineralizzazione indotta; (ii) mineralizzazione controllata; (iii) mineralizzazione intracellulare, extracellulare e intercellulare.

Esempi di biominerali e loro processi di formazione: (i) bioaragonite (madreperla); (ii) biocalcite (coccolitofori); (iii) bioapatite (le ossa e i denti); (iv) biomagnetite (batteri magnetotattici); (v) biosilice (radiolariti e spugne); (vi) i minerali e l'origine della vita; (vii) l'effetto dei batteri solforiduttori sulla precipitazione della dolomite; (viii) biomineralizzazione patologiche.

Mineralogy review: (i) what a mineral is, symmetry in crystals, point groups, unit cell, crystallographic directions, indexing of crystallographic forms; (ii) the most common mineral species in biomineralogy and their structural characteristics; (iii) the chemical and physical properties of greatest interest for biomineralogy; (iv) main analytical techniques for the recognition and description of minerals; (v) exercises.

Thermodynamics review: (i) definition of state function, intensive and extensive variables; (ii) definition of chemical potential and Gibbs free energy; (iii) differential and integrated forms of the main state functions; (iv) Gibbs-Duhem relation; (v) exercises.

Geochemistry review: (i) the product of solubility, solubility, saturation and supersaturation in aqueous phase and in biological solutions; (ii) solubility curves and their use; (iii) exercises. Crystalline growth applied to biomineralogy: (i) thermodynamic supersaturation of a system; (ii) definition of surface (interface) and surface energy (interface) of a crystal; (iii) adhesion energy of a crystal (Young and Duprè relations); (iv) homogeneous and heterogeneous nucleation (3D and 2D); (v) definition of epitaxy and 2D coincidence mesh to describe it; (vi) equilibrium form of a crystal (Gibbs-Wulff theorem); (vii) crystal face classification, crystal face growth laws, crystal growth morphology; (viii) factors that influence the growth morphology of crystals in a bio environment; (ix) exercises.

General principles of biomineralogy: (i) induced mineralization; (ii) controlled mineralization; (iii) intracellular, extracellular and intercellular mineralization.

Examples of biominerals and their formation processes: (i) bioaragonite (mother of pearl); (ii) biocalcite (coccolithophores); (iii) bioapatite (bones and teeth); (iv) biomagnetite (magnetotactic bacteria); (v) biosilica (radiolarites and sponges); (vi) minerals and the origin of life; (vii) the effect of sulfur-reducing bacteria on the precipitation of dolomite; (viii) pathological biomineralization.

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Modalità di insegnamento

Le lezioni saranno erogate per un numero complessivo di 48 ore (40 ore di teoria e 8 ore di esercitazioni in aula). Le esercitazioni consisteranno in esercizi da svolgere singolarmente o in gruppi.

La frequenza non è obbligatoria.

Lessons will be given for a total of 48 hours (40 hours of theory and 8 hours of classroom exercises). The exercises will consist of exercises to be carried out individually or in groups.

Attendance of the course is not compulsory.

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Modalità di verifica dell'apprendimento

Esame orale diretto (voto espresso in trentesimi). L'esame prevede una interrogazione di circa 30-45 minuti volta a comprendere se lo studente ha acquisito e memorizzato le informazioni fornite nell'insegnamento con discussione su diversi argomenti dello stesso. Verranno altresi' valutate la proprieta' di linguaggio e la capacità di effettuare collegamenti con altre discipline. 

 

Direct oral examination (vote expressed in thirtieths). The examination is characterized by a 30/45 min interview useful to understand the comprehension of the main concepts and the memorization of the main information. During the interview the teacher could also check the language and exposition skills and the ability to create connection with other disciplines. 

 

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Attività di supporto

Testi consigliati e bibliografia

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Tutto il materiale verrà fornito dal docente (dispense e powerpoint).

All the material will be provided by the teacher.



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Note

Indicazioni più precise potranno essere fornite solo in prossimità dell'inizio delle lezioni.

More precise indications will be given only near the beginning of the lessons.

Registrazione
  • Chiusa
    Apertura registrazione
    26/02/2024 alle ore 00:00
    Chiusura registrazione
    28/03/2024 alle ore 23:55
    Oggetto:
    Ultimo aggiornamento: 27/02/2024 10:43
    Location: https://naturali.campusnet.unito.it/robots.html
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